障害年金は非課税なので、障害年金を受給しているだけの場合は、基本的には確定申告は不要です。
しかし、年末調整をしていない給与収入や株などの副収入がある場合は、確定申告が必要なケースがあります。
また、障害手帳の交付のある方は、障害者控除が増えることがあり、高額な医療費の支払いをされた方は、医療費控除ができることもあります。

個々人の状況により複雑になりますので、詳細は、税務の専門家（税務署、税理士）にご相談いただくことになります。
確定申告が必要な場合、障害年金については非課税ですので、確定申告書に一切記載は必要ありません。

確定申告により障害年金受給を会社に知られることはありません。
障害年金は非課税のため確定申告書にも一切記載することはなく、会社の年末調整などにも影響しないためです。

ただし、私傷病（原因が業務以外の病気や怪我）により、傷病手当金を申請する場合、
申請書類の中に「障害年金の受給の有無」の記入する欄があります。これは、障害年金と傷病手当金が原則併給（同時に受給）されないためです。勤務先を通してこの申請をしてもらう場合は、勤務先に障害年金の受給を知られる可能性があります。

確定申告が原因で障害年金が更新できなくなることは通常ありません。
障害年金については一部の例外を除いて所得制限はないため、確定申告額がいくらでも更新に影響はないのです。確定申告額が年金事務所に伝わることはありません。